A história começa com a chegada dos espectros de Hades no Santuário. Trazidos devolta por Hades em troca de sua fidelidade, os Cavaleiros de Ouro derrotados nas batalhas das 12 casas são enviados para trazer a cabeça de Atena em 12 horas. Mu derrota logo Máscara da Morte e Afrodite, sem muitas dificuldades, mas a chegada de Saga, Camus e Shura dificulta as coisas. Mu teria sido derrotado pêlos três se não fosse a intervenção de Shion, antigo mestre do Santuário e ex cavaleiro de Áries.

Saga, Shura e Camus seguem para a próxima casa enquanto e Shion fica para derrotar Mu. Quando estava para desferir o golpe de misericórdia, Shion é surpreendido com a chegada do Mestre Ancião, que liberta Mu e o ordena que vá atrás de Saga e dos outros. Shion e o Mestre Ancião ficam para um combate.

Mu chega na casa de Touro e percebe que seu amigo Aldebaran havia sido derrotado. Entristecido com o que estava vendo, Mu promete proteger Atena a todo o custo. Seus pensamentos são interrompidos com a aparição de Niobe de Deep, o espectro que derrotou Aldebaran. Mu consegue se desvinculiar do golpe do espectro sem muitas dificuldades, pois o mesmo havia sido atingido pelo "Grande Chifre" de Aldebaran, sofrendo os efeitos do golpe tardiamente.

O cavaleiro dourado de Áries segue para a próxima casa. Saga, Shura e Camus, no templo de Gêmeos, se deparam com a figura de um cavaleiros dourado. Saga descobre que é seu irmão Kanon controlando a armadura a distância. Um poderoso ataque é enviado por Saga até a sala de Atena, atingindo Kanon em cheio.

Os três cavaleiros espectros chegam na casa de Câncer e descobrem o horror deste lugar dominado pêlos mortos. Não demoram a descobrir que o mesmo está sob influência de Shaka de Virgem. Saga lança um poderoso ataque em direção ao templo onde Shaka se encontra, mas o mesmo o detém, contra-atacando com toda a força. Os cosmo de Saga, Shura e Camus desaparecem diante a destruição do templo de Câncer.

Mu chega na casa de Câncer e encontra somente destroços, sem qualquer sinal dos corpos espectros. Sua procura é interrompida com a chegada de um novo grupo de guerreiros que estão a procura de Saga e os demais. Mu é paralisado com o golpe de Myu de Pappilon, que ordena os demais espectros seguirem em frente enquanto enfrenta o cavaleiro de Áries. Mu consegue derrotar o espectro com grande facilidade.

Na casa de Leão, Aiolia recebe o grupo de espectros vindos de Câncer, conseguindo derrotar alguns com grande facilidade. Raimi de Worm aparece e paralisa Aiolia enquanto os demais passam. Neste momento, Aiolia sente, entre os espectros, alguns cosmos conhecidos. O espectro Raimi que achava ser capaz de fazer frente ao cavaleiro dourado de Leão, é derrotado. Neste momento Seiya, Shun, Hyoga e Shiryu chegam e conversam com Aiolia.

Os espectros chegam na casa de Virgem. Shaka se recusa a abandonar seu posto como defensor do templo lançando um poderoso ataque sobre os espectro. O ataque é detido por três espectros que logo se descobre ser Saga, Shura e Camus, disfarçados. Shaka derrota os demais espectros e enfrenta os cavaleiros diante das árvore gêmeas em seu templo.

Shaka já estava com vitória garantida quando Saga e os outros decidem usar a técnica proibida por Atena, o "Atena Exclamation". Shaka é derrotado, mas antes de partir deixa uma mensagem para Saori (Araya Shiki). Saga, Shura e Camus, ao saírem do jardim onde haviam derrotado Shaka, encontram Mu, Aiolia e os cavaleiros de bronze. Milo não demora a chegar para se juntar ao grupo.

Os três cavaleiros espectros se reúnem para usar novamente o Atena Exclamation. Mu, Milo e Aiolia fazem o mesmo, lançando a mais poderosa técnica contra seus inimigos. O choque das duas forças é gigantesco. Uma grande esfera de energia se forma entre os cavaleiros. Seiya, Shun, Hyoga e Shiryu se reúnem para mandar a força do "Athena Exclamation" para os céus, destruindo por completo o templo de Virgem.

Com a explosão, os cavaleiros espectros sobrevivem e teriam sido derrotados por Milo se não fosse a intervenção de Saori. Ela ordena a Mu, Milo e Aiolia que levem os invasores até sua presença. Chegando ao templo de Atena, Saori entrega a Saga a mesma adaga que o cavaleiro de gêmeos usou para tentar matá-la a 13 anos e ordena que o mesmo a mate. Saga parece recusar, mas Saori segura suas mãos e põe fim a própria vida.

Os cavaleiros de bronze sentem o cosmo de Atena desaparecer e vão ao seu templo, chegando lá, encontram apenas a adaga suja de sangue. Shion aparece e explica aos cavaleiros a verdadeira história. Que os cavaleiros espectros estavam ali para avisar Saori sobre a sagrada armadura de Atena, a única forma que permitiria Saori enfrentar Hades. Com a armadura de Atena de volta a vida, Shion ordena que os cavaleiros levem a armadura até Saori no mundo dos mortos, para tanto, Shion conserta as armaduras de bronze com o sangue de Saori, dando início ao surgimento dos últimos e mais poderosos trajes.

Seiya e os demais chegam ao castelo de Hades a tempo de ajudar Mu, Milo e Aiolia a enfrentar Radamanthys de Wyvern, um dos três juízes do inferno. Mu ordena que Seiya siga em frente. Enquanto Seiya e seus amigos se afastam, os cavaleiros de ouro desferem seus últimos ataques contra Radamanthys, que vence sem muitas dificuldades.

Ao chegarem na sala principal do castelo, Seiya e os demais encontram Saga, Shura e Camus que estavam morrendo, no final das 12 horas dadas por Hades. Ao se despedirem, os cavaleiros entregam aos cavaleiros de bronze a missão de resgatar Atena e trazer a paz de volta ao mundo. Seiya, Hyoga, Shun e Shiryu estavam indo em direção a entrada do inferno quando Radamanthys surge para enfrentá-los. Os cavaleiros tem uma luta difícil e quase são derrotados.

Seiya, com seu grandioso espírito de luta, eleva seu cosmo ao máximo e ataca Radamanthys, ambos caem no buraco que leva ao inferno. Enquanto isso, no Santuário, Shion se despede de Douko, o cavaleiro dourado de Libra (Mestre Ancião). E assim termina o capítulo do santuário.